Styrelsen är ett beredande och verkställande organ. Styrelsen väljs av höstmötet. Styrelsen kan tillsätta ett arbetsutskott samt både ständiga och tillfälliga arbetsgrupper med uppgift att bereda ärenden för styrelsen.
Styrelsen utgörs av medlemmarnas representanter så att lutherska kyrkan, ortodoxa kyrkan, katolska kyrkan, samfund som representerar den finskspråkiga frikyrkligheten och samfund som representerar den svenskspråkiga frikyrkligheten har minst en medlem vardera.
Till styrelsen hör ordförande, tre vice ordföranden samt minst fyra och högst sex övriga medlemmar. Styrelsemedlemmarna har personliga ersättare. Generalsekreteraren och skattmästaren har närvaro- och yttranderätt.
Styrelsens mandatperiod är tre kalenderår.
Styrelsen är beslutför då ordföranden och minst hälften av dess medlemmar är närvarande, så att minst tre av rådets medlemmar är representerade.
Styrelsen 2025 – 2027
Ordförande för Ekumeniska Rådets i Finland styrelse är ärkebiskop Elia från ortodoxa kyrkan. Till personlig suppleant för ordföranden valdes kyrkoherde Markku Salminen (ort.).
Vice ordförande i styrelsen är:
Biskop Raimo Goyarrola (kat.), suppleant broder Gabriel Salmela OP (kat.)
Biskop Matti Repo (ev.-lut.), suppleant pastor, teologie doktor Saara-Maria Jurva (ev.-lut.)
Överstelöjtnant, territoriell kommendör Saga Lippo (fräls.), suppleant Jaakko Pihlajamäki (fri). Lippo och Pihlajamäki representerar Suomen Vapaakristillinen Neuvosto (SVKN).
Övriga styrelsemedlemmar:
Församlingsföreståndare Markus Österlund (mis.), suppleant församlingsföreståndare Peter Sjöblom (bapt.). Österlund och Sjöblom representerar Frikyrklig Samverkan (FS).
Docent, teologie doktor Tomi Karttunen (ev.-lut.), suppleant lektor i sociala yrkesämnen, diakon Luisa Tast (ev.-lut.)
Kyrkoherde, teologie doktor Minnamari Helaseppä (ev.-lut.), suppleant pastor Jussi Luoma (ev.-lut.)
Politices doktor Minna Rasku (ort.), suppleant organisationssekreterare Anna-Kaisa Onatsu (ort.)
Revd Dr Miika Ahola (angl.), suppleant teologie magister Saija Kainulainen (angl.)