Suomen Ekumeenisen Neuvoston hallitus on valmisteleva ja toimeenpaneva elin. Syyskokous valitsee hallituksen. Hallitus voi asettaa työjaoston sekä pysyviä ja tilapäisiä työryhmiä, joiden tehtävänä on valmistella asioita hallitukselle.
Hallitus muodostetaan jäsenten edustajista siten, että hallituksessa on vähintään yksi jäsen luterilaisesta kirkosta, ortodoksisesta kirkosta, katolisesta kirkosta, suomenkielistä vapaata kristillisyyttä edustavasta yhteisöstä sekä ruotsinkielistä vapaata kristillisyyttä edustavasta yhteisöstä kustakin.
Hallitukseen kuuluu puheenjohtaja, kolme varapuheenjohtajaa sekä vähintään neljä ja enintään kuusi muuta jäsentä. Hallituksen jäsenellä on henkilökohtainen varaedustaja. Pääsihteerillä ja rahastonhoitajalla on hallituksessa läsnäolo- ja puheoikeus.
Hallituksen toimikausi on kolme kalenterivuotta.
Hallitus on päätösvaltainen, jos läsnä on puheenjohtaja ja vähintään puolet jäsenistä niin, että vähintään kolme neuvoston jäsentä on edustettuna.
Hallitus 2022-2024
Suomen Ekumeenisen Neuvston hallituksen puheenjohtajana toimii ev.-lut. kirkon arkkipiispa Tapio Luoma. Puheenjohtajan ja hallituksen toimikausi on kolme vuotta 2022-2024.
Puheenjohtajan henkilökohtaiseksi varajäseneksi valittiin piispa Jari Jolkkonen.
Hallituksen varapuheenjohtajina toimivat:
Suomen evankelisluterilaisen kirkon edustaja piispa Matti Repo (varajäsen: dekaani Terhi Törmä);
Suomen ortodoksisen kirkon edustaja metropoliitta Arseni (varajäsen: ylidiakoni Juha Lampinen);
ja 3.2.2022 alkaen Frikyrklig samverkanin edustaja Missionskyrkan i Finland, församlingsföreståndare Markus Österlund (varajäsen: församlingsföreståndare pastor Roger Andersson).
Hallituksen muut jäsenet ovat:
Suomen evankelisluterilainen kirkko, TT Minnamari Helaseppä (varajäsen: pastori Saara-Maria Jurva); Suomen evankelisluterilainen kirkko, dosentti TT Tomi Karttunen (varajäsen: TT Jenni Krapu);
Suomen ortodoksinen kirkko, YTT Minna Rasku (varajäsen: järjestösihteeri Annakaisa Onatsu);
Suomen vapaakirkon puheenjohtaja Jaakko Pihlajamäki (varajäsen: ylisihteeri majuri Saga Lippo, Suomen Pelastusarmeija);
Katolinen kirkko Suomessa, veli Gabriel Salmela (varajäsen: isä Marco Pasinato);
Anglican Church in Finland, Revd. Dr. Mika K. T. Pajunen (varajäsen: Chaplain, Revd. Tuomas Mäkipää).