Styrelsen är ett beredande och verkställande organ. Styrelsen väljs av höstmötet. Styrelsen kan tillsätta ett arbetsutskott samt både ständiga och tillfälliga arbetsgrupper med uppgift att bereda ärenden för styrelsen.
Styrelsen utgörs av medlemmarnas representanter så att lutherska kyrkan, ortodoxa kyrkan, katolska kyrkan, samfund som representerar den finskspråkiga frikyrkligheten och samfund som representerar den svenskspråkiga frikyrkligheten har minst en medlem vardera.
Till styrelsen hör ordförande, tre vice ordföranden samt minst fyra och högst sex övriga medlemmar. Styrelsemedlemmarna har personliga ersättare. Generalsekreteraren och skattmästaren har närvaro- och yttranderätt.
Styrelsens mandatperiod är tre kalenderår.
Styrelsen är beslutför då ordföranden och minst hälften av dess medlemmar är närvarande, så att minst tre av rådets medlemmar är representerade.
Styrelsen 2022-2024
Ärkebiskop Tapio Luoma är Ekumeniska Rådet i Finlands ordförande. Rådet har tre viceordföranden: ortodoxa kyrkans representant metropolit Arseni (suppleant: överdiakon Juha Lampinen), evangelisk lutherska kyrkans representant biskop Matti Repo (suppleant: dekanus Terhi Törmä) och Missionskyrkan i Finland, församlingsföreståndare, pastor Markus Österlund (suppleant: församlingsföreståndare, pastor Roger Andersson). Biskop Jari Jolkkonen valdes till ordförandes personliga suppleant.
De övriga styrelsemedlemmarna är:
Katolska kyrkan i Finland, broder Gabriel Salmela (suppleant: fader Marco Pasinato); Evangelisk lutherska kyrkan i Finland, TD Minnamari Helaseppä (suppleant: pastor Saara-Maria Jurva);
Evangelisk lutherska kyrkan i Finland, dosent TD Tomi Karttunen (suppleant: TD Jenni Krapu); Ortodoxa kyrkan i Finland, FD Minna Rasku (suppleant: föreningssekreterare Annakaisa Onatsu);
Suomen Vapaakirkkos ordförande Jaakko Pihlajamäki (suppleant: översekreterare major Saga Lippo, Frälsningsarmén i Finland)
och Anglican Church in Finland, Revd. Dr. Mika K. T. Pajunen (suppleant: Chaplain, Revd. Tuomas Mäkipää).