Suomen Ekumeenisen Neuvoston hallitus on valmisteleva ja toimeenpaneva elin. Syyskokous valitsee hallituksen. Hallitus voi asettaa työjaoston sekä pysyviä ja tilapäisiä työryhmiä, joiden tehtävänä on valmistella asioita hallitukselle.
Hallitus muodostetaan jäsenten edustajista siten, että hallituksessa on vähintään yksi jäsen luterilaisesta kirkosta, ortodoksisesta kirkosta, katolisesta kirkosta, suomenkielistä vapaata kristillisyyttä edustavasta yhteisöstä sekä ruotsinkielistä vapaata kristillisyyttä edustavasta yhteisöstä kustakin.
Hallitukseen kuuluu puheenjohtaja, kolme varapuheenjohtajaa sekä vähintään neljä ja enintään kuusi muuta jäsentä. Hallituksen jäsenellä on henkilökohtainen varaedustaja. Pääsihteerillä ja rahastonhoitajalla on hallituksessa läsnäolo- ja puheoikeus.
Hallituksen toimikausi on kolme kalenterivuotta.
Hallitus on päätösvaltainen, jos läsnä on puheenjohtaja ja vähintään puolet jäsenistä niin, että vähintään kolme neuvoston jäsentä on edustettuna.
Hallitus 2025 – 2027
Suomen Ekumeenisen Neuvoston hallituksen puheenjohtajana toimii ortodoksisen kirkon arkkipiispa Elia. Puheenjohtajan henkilökohtaiseksi varajäseneksi valittiin kirkkoherra Markku Salminen (ort.).
Hallituksen varapuheenjohtajina toimivat:
Piispa Matti Repo (ev.-lut.), varajäsen pastori, TT Saara-Maria Jurva (ev.-lut.)
Everstiluuntantti, territorion komentaja Saga Lippo (pel.), varajäsen Jaakko Pihlajamäki (vap.)
Piispa Raimo Goayarrola (kat.), varajäsen veli Gabriel Salmela OP (kat.)
Hallituksen muut jäsenet:
Dosentti, TT Tomi Karttunen (ev.-lut.), varajäsen lektor i sociala yrkesämnen, diakon Luisa Tast (ev.-lut.)
Kirkkoherra, TT Minnamari Helaseppä (ev.-lut.), varajäsen pastori Jussi Luoma (ev.-lut.)
YTT Minna Rasku (ort.), varajäsen järjestösihteeri Anna-Kaisa Onatsu (ort.)
Revd Dr Miika Ahola (angl.), varajäsen: TM Saija Kainulainen (angl.)
Församlingsföreståndare Markus Österlund (mis.), varajäsen samfundsföreståndare Peter Sjöblom (bapt.)