Koko kristillinen kirkko oli koolla Nikean kaupungissa Vähässä-Aasiassa vuonna 325 pidetyssä synodissa. Se oli ensimmäinen seitsemästä jakamattoman kirkon ekumeenisesta synodista. Kokemus oli valtaisa: vain vuosikymmen vainojen jälkeen keisari kutsui kesäpalatsiinsa edustajat koko kristikunnasta, Espanjasta Etelä-Intiaan.
Lähes kaikki osanottajat olivat olleet uskon tunnustajia vainojen aikana ja monet kantoivat kehossaan kidutuksen merkkejä. Keisarin kiinnostus koski kirkon ykseyttä valtakunnan yhtenäisyyden kannalta, mutta Nikean teologinen työ on osoittautunut ainutlaatuisen merkittäväksi kautta kristinuskon koko historian. Vastauksena areiolaiseen heresiaan päästiin yksimielisyyteen yhteisestä uskontunnustuksesta. Se perustui vanhempiin kastetunnustuksiin, mutta siinä käytettiin ensimmäistä kertaa myös kreikkalaisen filosofian sanastoa Raamatun ulkopuolelta. Nikean synodi ei käytännössä ratkaissut areiolaisen hajaannuksen ongelmaa, ja asian puimista jatkettiin vuonna 381 Konstantinopolin kirkolliskokouksessa, joka tunnetaan toisena ekumeenisena synodina. Näissä kahdessa kokouksessa laadittu Nikealais-konstantinopolilainen uskontunnustus on alkuperäisessä muodossaan ainoa kaikkia kristittyjä yhdistävä kristinuskon määritelmä.
Kristillinen kirkko oli Nikean synodista Efeson synodiin vuonna 431 todellisemmin yksi kuin koskaan sitä ennen tai sen jälkeen. Ykseys ei silti silloinkaan ollut täydellistä. Kristinuskon koko historia voidaan nähdä jatkuvana ortodoksian ja heresian, jännitteenä, johon nivoutuu vallan ja arvovallan konflikteja, ristiriitaista suhtautumista kristittyjen maallistumiseen sekä kielen, kulttuurin ja politiikan aiheuttamia erimielisyyksiä.
Varhaisella kirkolla ei ollut tarkkaan määriteltyä oppia harhaopeista, mutta lahkoliikkeisiin ja niistä kirkon yhteyteen palaaviin kristittyihin suhtauduttiin eri tavoin.
Trullon synodi vuonna 692 määritteli, millä tavalla eri lahkoista palaavat tulee liittää kirkon yhteyteen: ketkä on kastettava, ketkä voideltava mirhalla ja ketkä otetaan vastaan katumuksen sakramentin ja ehtoolliseen osallistumisen kautta. Pyhä Basileios Suuri puhuu ”eriseuraisista”, ”skismaatikoista” ja ”hereetikoista”. Nimitystä hereetikko, harhaoppinen, Basileios käyttää sellaisista, joilla hänen mukaansa on eri käsitys Jumalasta kuin ortodoksisessa uskossa. Heidän kanssaan ei ole toivoa ratkaista erimielisyyttä keskustelemalla eikä heidän kanssaan ole rukousyhteyttä. Sen sijaan on vuoropuhelun kautta pyrittävä ykseyden palauttamiseen niin skismaatikkojen kuin eriseuraistenkin kanssa.
Terävistä erimielisyyksistä ja ehtoollisyhteyden katkeamisesta huolimatta kilpailevat osapuolet eivät yleensä asettaneet useampaa piispaa samalle istuimelle. Keskenään ehtoollisyhteydessä olevat piispat saattoivat tahoillaan olla yhteydessä sellaisten piispojen kanssa, jotka eivät olleet molempien kanssa kommuuniossa eli ehtoollisyhteydessä. Kirkon ykseyden ollessa ankarastikin koetuksella voidaan nähdä selkeä taju sen olennaisesta merkityksestä, haluttomuus pystyttää rinnakkaisia kirkollisia rakenteita ja pyrkimys palauttaa rikkoutunut ykseys. Kirkon ykseyden aikakautta leimasivat jatkuvat ristiriidat, mutta myös toistuvat yritykset sovittaa niitä. Käytiin kiivaita keskusteluja, julkaistiin tiukkoja kiistakirjoituksia ja väiteltiin toreilla ja kahviloissa. Teologien tavoitteena oli löytää kirkon ykseyttä varjeleva muotoilu eli formula. Tärkein ykseyden menetelmä oli ekumeeninen synodi, kaikkia yhdistävä kirkolliskokous.
Nikeassa ja Konstantinopolissa ratkaistun areiolaisuuskiistan jälkeen jatkui keskustelu Kristuksen jumaluuden ja ihmisyyden luonteesta ja sen ilmaisemisesta. Olennainen kriteeri oli ihmisen pelastus: kuinka ilmaista yhtäältä se jumaluus, jonka perusteella Kristuksen kuolemalla ja ylösnousemuksella oli pelastava merkitys, ja toisaalta se ihmisyys, jonka perusteella pelastus koskee koko sielullis-ruumiillista ihmisyyttä ja koko ihmiskuntaa. Konstantinopolin arkkipiispa Nestorioksen oppi kahdesta erillisestä luonnosta Kristuksessa, jumalallisesta ja inhimillisestä, edusti yhtä ääripäätä, ja samasta kaupungista kotoisin olevan arkkimandriitta Eutykheen oppi ihmisyydestä, joka Kristuksessa sulautuu jumaluuteen, oli toisessa laidassa. Nestorioksen opetus tuomittiin vuonna 431 Efeson kirkolliskokouksessa eli kolmannessa ekumeenisessa synodissa. Siellä ortodoksisen uskon kriteeriksi todettiin se, että Neitsyt Mariasta hyväksytään hänen tehtäväänsä kuvaava perinnäinen termi ”Theotokos”, Jumalansynnyttäjä.
Efeson synodin seurauksena Rooman valtakunnan rajojen itäpuolella vaikuttava itäsyyrialais-persialainen kirkko jäi eroon muusta kristikunnasta. Itäsyyrialainen kirkko oli ensimmäisellä vuosituhannella suurempi kuin muu kristikunta yhteensä ja se ulottui Intiaan ja Kiinaan asti. Nykyisin itäsyyrialainen traditio elää Idän Assyrialaisessa kirkossa ja Roomalaiskatolisen kirkon yhteydessä olevassa Kaldealaisessa kirkossa. Heitä on yhteensä noin 4 miljoonaa.
400-luvun kristologisen kiistan toinen ääripää tuomittiin Kalkedonin kirkolliskokouksessa eli neljännessä ekumeenisessa synodissa Bosporin itärannalla vuonna 451. Vain harvat tukivat Eutykheen opetusta, jota alettiin haukkua ”monofysiittiseksi” eli yksiluonto-opiksi. Kalkedonissa muotoiltiin opetus, joka ilmaisee Kristuksen jumal-inhimillisen persoonan salaisuuden: ”sekoittamatta, muuttamatta, jakamatta, erottamatta”. Kalkedonin ratkaisu ei kuitenkaan riittänyt säilyttämään kirkon ykseyttä. Kirkkojärjestykseen liittyvät erimielisyydet johtivat Aleksandrian voimakkaan arkkipiispan ja Egyptin kirkon päämiehen Dioskoroksen tuomitsemiseen Kalkedonin synodissa.
Kalkedonin opillinen lopputulos ja kirkkojärjestykselliset päätökset eivät onnistuneet turvaamaan kirkon ykseyttä. Kirkko jakaantui, kun Välimeren itäpään neljä suurta kristillistä kansakuntaa ja kulttuuria jäivät erilleen vanhan ja uuden Rooman johtamasta kirkosta. Koptilainen kansa ja voimakas luostariliike tulivat arkkipiispansa tueksi. Syvä epäluottamus heidän ja konstantinopolilaisen esivallan välillä purkautui harhaoppisyytöksinä, mellakointina ja esivallan vainona. Seurauksena oli Egyptin koptinkielisen kirkon jääminen eroon muusta kristikunnasta. Euroopassa jäi vallalle käsitys, jonka mukaan koptit olivat ”monofysiittejä”, ja heidän keskuudessaan oltiin vakuuttuneita, että Rooman ja Konstantinopolin kirkot opettivat nestoriolaista ”duofysitismiä” eli kaksiluonto-oppia. Antiokian teologit ja Syyrian munkit kritisoivat Kalkedonin päätöstä ja keisarillisen kirkon toimia. Etiopia liittyi samaan seuraan paljolti Egyptin vaikutuksesta. Armenian kirkolla ja valtiolla oli oma monimutkainen suhteensa Itä-Roomaan, ja sukupolvea myöhemmin siellä tehtiin päätökset jäädä eroon Kalkedonin kirkolliskokouksen ratkaisut hyväksyneistä kirkoista.
Kalkedonin synodin seurauksena eroon jääneitä kirkkoja kutsutaan ekumeenisissa yhteyksissä ”orientaalis-ortodoksisiksi” kirkoiksi. Niitä ovat Armenian apostolinen kirkko – Pyhän Etshmiadzinin ja Kilikian katolikoskunnat, Egyptin koptilainen kirkko, Etiopian ortodoksinen Tewahedo-kirkko, Intian Malankara-ortodoksinen kirkko, Syyrialais-ortodoksinen kirkko sekä Eritrean ortodoksinen kirkko. Kaikki ovat ankaran historian läpikäyneitä, suuria ja elinvoimaisia kansankirkkoja, joihin kuuluvia uskovia on kaikkialla maailmassa.
Varhaisen kirkon tapaan ykseyttä yritettiin palauttaa, mutta teologinen dialogi ei onnistunut. Teologian-historioitsijat ovat esittäneet syyksi sitä, että Kalkedonin kirkolliskokouksen jälkeisinä vuosisatoina ei molemmilla osapuolilla ollut samaan aikaan yhtä vahvoja teologeja vuoropuhelua käymään. Kalkedonin synodia seurannut kirkon jakaantuminen oli historian näkökulmasta kirkon maksama hinta keisarin synneistä, koska poliittinen opportunismi vaikutti kaikkiin neuvotteluihin. Pian islam valloitti orientaaliset maat hyötyen kristittyjen erimielisyyksistä. Islamin valta sementoi teologiset käsitykset sitä edeltäneeseen tilaan ja pakotti kirkot keskittymään omaan selviytymiseensä.
Hengellinen, kirkon elämään liittyvä vuoropuhelu kuitenkin jatkui ja vaikutteita vaihdettiin enemmän kuin ehkä tiedostettiinkaan. Teologinen dialogi on alkanut uudelleen 1900-luvulla, nykyajan ekumeenisen liikkeen sisällä. Yhteisymmärrys Kristuksen jumaluudesta ja ihmisyydestä on saavutettu sekä Roomalaiskatolisen että ortodoksisen kirkon kanssa. Ortodoksisen kirkon ja orientaalisten ortodoksisten kirkkojen virallinen teologinen dialogi käynnistyi pitkän valmistelun jälkeen vuonna 1985. Jo vuonna 1991 saatiin valmiiksi yhteinen kristologinen teksti. Sen jälkeen vuoropuhelu on edennyt hitaasti johtuen poliittisista ja kirkkopoliittisista syistä. Asialistalla on vielä kysymys ekumeenisen synodin määritelmästä ja niiden lukumäärästä sekä diptyykeistä eli toisen tradition pyhistä ihmisistä ja kirkkojen vanhemmuusjärjestyksestä. Ortodoksisten ja orientaalisten ortodoksisten kirkkojen täydellinen ykseys on monien mielestä mahdollinen saavutetun kristologisen yksimielisyyden perusteella. Toteutuessaan se olisi ensimmäinen kahden maailmanlaajuisen kirkkoperheen yhdistyminen nykyajan ekumeenisen liikkeen historiassa.