Lännen ja Idän kirkkojen välillä astuttiin uuteen historialliseen ja hengelliseen vaiheeseen, kun Rooman paavi Paavali VI ja Konstantinopolin patriarkka Athenagoras I tapasivat Jerusalemissa vuonna 1964. Seuraavana vuonna he antoivat yhteisen julistuksen, jolla mitätöitiin molemminpuoliset symboliset kirkonkiroukset vuodelta 1054. Kirkkojen suhde muuttui vastakkainasettelusta rakkauden dialogiksi, jonka tavoitteena on täydellinen ykseys Kristuksessa. Ensimmäisen vuosituhannen kiistanaiheista, jotka kertoivat osapuolten etääntymisestä, vain harvalla on nykyään merkitystä.
Vatikaanin II kirkolliskokous vuosina 1962–1965 muutti katolisen kirkon virallisen kannan ekumeenisia pyrkimyksiä kohtaan. Aiemmin mustavalkoiseen käsitykseen kirkon rajoista perustunut kielto muuttui kehotukseksi ja kannustukseksi hakeutua teologiseen, diakoniseen ja hengelliseen yhteistyöhön. Sitä katolilaiset eri puolilla maailmaa ovat noudattaneet. On myös mielenkiintoista havaita Vatikaanin II kirkolliskokouksen teologisten asiakirjojen ajattelutavan ja sisällön läheisyys ekumeenisten järjestöjen piirissä käytyyn keskusteluun 1960-luvulta lähtien.
Keski-Euroopan reformoidut, luterilaiset ja unioidut kirkot solmivat läheisen yhteyden Leuenbergin konkordiassa vuonna 1973 ja panivat syrjään molemminpuoliset tuomiot menneisyydessä. Porvoossa vuonna 2000 allekirjoitettu sopimus yhdistää Brittein saarten anglikaanisia ja Pohjolan luterilaisia kirkkoja. Luterilaisten kirkkojen ja katolisen kirkon Yhteinen julistus vanhurskauttamisesta vuodelta 1999 paneutuu luterilaisen reformaation olennaisimpaan sisältökysymykseen ja kertoo erilleen joutuneiden kirkkojen nykyisestä yhteisymmärryksestä.
Kirkkojen Maailmanneuvoston Faith and Order -komissio sai vuonna 1982 valmiiksi asiakirjan, joka käsittelee kastetta, ehtoollista ja kirkon virkaa (BEM – Baptism, Eucharist and Ministry). Se oli 55 vuoden teologisen työn ja dialogin tulos. Kyseessä on asteittainen kehitys, jonka edistyessä ortodoksit, protestantit, anglikaanit ja katolilaiset ovat löytäneet ja yhdessä tunnustaneet yhden apostolisen uskon ja sakramentaalisen elämän keskeisiä elementtejä. BEM-asiakirja esittää kirkkojen yhteiset käsitykset, mutta toteaa myös eroavaisuudet ja niiden taustat.
Kirkkojen antamasta palautteesta BEM-asiakirjaan nousi tärkeitä teemoja, joista muodostuu Faith and Order -komission tämänhetkinen toimintasuunnitelma. Niitä ovat Raamatun ja tradition suhde, sakramentti ja sakramentaalisuus sekä kirkkokäsitteen ulottuvuudet ja suhde kirkon missioon. Teemoja yhdistävä tehtävä on kirkkokäsityksen vertaileva pohdinta. Meneillään on kirkko-opillinen hanke ”Kirkon luonne ja tehtävä”, jossa käytetään samaa menetelmää kuin BEM-prosessissa 25 vuotta aikaisemmin. Siinä korostuu kirkon olemus paikallisena yhteisönä ja se, kuinka kirkon näkyvää ykseyttä rakennetaan edistämällä saman paikkakunnan kristillisten seurakuntien yhteyttä.
Kirkkojen kahdenvälisissä ja monenvälisissä teologisissa vuoropuheluissa tehdään ekumeenista perustutkimusta. Se on akateemista työtä, jossa haetaan yhteisiä käsitteitä teologiseen keskusteluun ja etsitään tiedollista ja hengellistä läpinäkyvyyttä, jonka avulla voidaan käsittää uskon kysymykset toisen tradition kautta ja ymmärtää niitä toisen tradition kielellä. Tämä työ on vaativaa ja monille akateemisille teologeille tuntematonta. Sen tekeminen on kuitenkin edellytys ekumeeniselle edistykselle Kristuksen kirkon näkyvän ykseyden saavuttamiseksi.
Kirkkojen välisten erojen teologista historiaa on tutkittava, jotta niihin liittyvät muistot voisivat parantua. On myös tärkeää kysyä, mitkä niistä ovat edelleen ajankohtaisia ja mitkä eivät. Ekumeenisen lähentymisen myötä kirkkojen välillä vallitsee kommuunio, joka on todellinen mutta ei täydellinen. Katolisen kirkon ykseyden neuvoston edellisen johtajan kardinaali Edward Cassidyn mukaan kommuunion ekklesiologia näyttää, että ”olemme alkaneet kokea koinonian mysteeriä yhdessä”. Uusien esteiden luomista tulisi välttää ja olisi tuotava selvästi esille kirkkojen ” peruuttamaton sitoutuminen näkyvään ykseyteen pyrkimiseen”.
Kommunistimaissa ekumenia sai huonon nimen, koska sitä käytettiin itäblokin ulkopolitiikan välineenä. Kirkonmiehet saivat matkustaa kokouksiin, kunhan muistivat tuoda esille maansa ulkopolitiikan tunnussanat. Se ei luonnollisestikaan tehnyt turhaksi niitä teologisia ja hengellisiä keskusteluja, joita tapaamisissa käytiin. Tätä nykyiset kriitikot eivät aina ota huomioon. Neuvostoliiton hajottua ja itäblokin vapauduttua ekumenia näytti entisissä kommunistimaissa pimeän menneisyyden varjolta. Se sai osakseen kritiikin vyöryn, joka oli osittain perusteltua pohdintaa ja osittain mielikuvituksellisia väitteitä. Puhuttiin ”ekumenismista” pan-heresiana, jossa kaikki harhaopit yhdistyvät.
Kriittinen keskustelu johti siihen, että Kirkkojen maailmanneuvosto perusti vuonna 1998 erityiskomission käymään läpi ortodoksien ja muidenkin esiintuomia epäkohtia. Erityiskomission työ sai kaikkien ortodoksisten jäsenkirkkojen hyväksynnän ja johti kahteen tärkeään uudistukseen: uusiin ohjeisiin yhteisestä rukouksesta ja konsensus-päätöksentekoon. Jumalanpalveluksissa suositaan jälleen aitoja perinteitä, ei pyritä luomaan uusia liturgisia tapoja eikä tuoda kiistanalaista teologiaa rukoukseen. KMN:ssa ei enää tehdä teologisia tai eettisiä päätöksiä enemmistöllä, vaan pyritään yksimielisyyteen, konsensukseen. Kun siihen ei päästä, tyydytään kuvailemaan vallitsevia näkökohtia ja niiden eroja. Konsensus on ollut käytössä tähän mennessä yhdessä KMN:n yleiskokouksessa sekä kaikissa järjestön toimielimissä. Se haastaa kuuntelemaan toisten näkemyksiä ja parhaimmillaan se on hengellinen harjoitus, joka luo turvallisen tilan olla eri mieltä ja etsiä yhteistä tietä eteenpäin.