Lännen kirkon yhtenäisyys ennen reformaatiota oli vaikuttava: yksi liturgia, yksi kieli, yksi paavillinen hallinto ja yksi skolastinen ajattelutapa. Ykseys ei kuitenkaan ollut rikkumaton. Sitä haastoivat erilaiset liikkeet, joista jotkut pysyivät kirkon sisäisinä uudistuksina ja toiset ajautuivat kauaskin sen ja klassisen kristillisen opetuksen ulkopuolelle.
Rooman kirkosta 1500-luvun alkupuolen reformaatiossa irtautuneet protestantit etsivät pian yhteyttä Idän ortodokseihin. He perustelivat usein näkemyksiään sillä, kuinka ”kreikkalaiset” heidän käsityksensä mukaan ajattelivat. Martti Luther piti teologiansa perustana kirkon viiden ensimmäisen vuosisadan yhteisymmärrystä. Yli kaksisataa vuotta myöhemmin John Wesleyn toiminnasta alkunsa saanut metodismi sisälsi vaikutteita varhaisten kirkkoisien teologiasta. Myöhemmän ekumenian kannalta näillä tradition jatkuvuuden kanavilla on olennainen merkitys.
Lutherin toiminnan alusta 30-vuotisen sodan alkamiseen nähtiin monta uskonpuhdistajien yritystä rakentaa kirkon ykseyttä. Niitä voidaan pitää saavutuksina ykseyden tiellä ja niillä on pysyvää teologista merkitystä. Vaikutus jäi kuitenkin rajalliseksi, koska pyrkimykset olivat luonteeltaan kansallisia. ”Protestanttinen” asenne syntyi paikallisissa oloissa vastareaktiona universaalina itseään pitäneelle kirkolliselle vallalle ja sen eteenpäin viejillä oli vähän energiaa ekumeenisiin pyrkimyksiin. Tavoiteltava ykseys oli protestanttisten voimien yhdistämistä Roomaa vastaan.
1500-luvun protestantit olivat vakuuttuneita, että he olivat todellinen kirkko ja että Rooma edusti heresiaa samaan tapaan kuin kristillinen kirkko Uuden testamentin mukaan oli todellinen Israel. Vastakkainasettelun osapuolilla oli 30-vuotiseen sotaan mennessä jo liikaa väkivallan muistoja ja yhteisten tunnustusten tehtäväksi jäi niiden lujittaminen katoliseksi, reformoiduksi tai luterilaiseksi identiteetiksi. Ykseyspyrkimykset protestanttien kesken eivät ratkaisseet reformaatioon liittynyttä skismaattista trendiä. Hajaannuksen voimat olivat vielä vahvemmat kuin ykseyden tavoittelijat.
Kirkkokäsityksessä tapahtui 1600-luvulle tultaessa ratkaiseva muutos. Alettiin puhua kirkosta monikossa ja kristillisen yhteisön identiteetin kriteeriksi tuli sen ”tunnustus”. Samalla alueella saattoi nyt olla useita kristillisiä kirkkoja, eikä sitä pidetty mahdottomana tilanteena kristinuskon olemuksen kannalta. Ekumeeninen tietoisuus ja näky jäivät yksilöiden varaan, se ei liittynyt kristinuskon itseymmärrykseen. Jumalanpalvelus ei enää muodostanut yhteyttä apostolisiin juuriin tai toisiin kristittyihin, kun liturgisen perinnön jatkumo katkesi. Kirkon kaksituhatvuotisen historian valossa Lännen kirkon hajaannus reformaation seurauksena aiheutti syvemmät erot kuin koskaan aiemmin.
Reformaatio antoi Raamatun tavallisten ihmisten käsiin ja siten haastoi heidät vapauteen ja vastuuseen omasta uskostaan ja hengellisestä elämästään. Tällä tietoisuudella oli odottamattoman suuri voima, kun se vapautti hengellisen kokemisen ja pohdinnan kautta ihmiset oman olemassaolonsa subjekteiksi. Hengellinen vapautuminen voidaan rinnastaa taloudellisesti itsenäisen porvariston nousuksi ohi feodaalisen ylimystön edustaman perityn hierarkkisen vallan. Reformaatio merkitsi myös Keski-Euroopan poliittisen kartan mullistusta katkerien sotien tuloksena. Yhteiskuntaelämä muuttui varsinkin maissa, joissa kalvinistinen oppi tuli määrääväksi.
Euroopan kirkollinen kartta muovautui myös poliittisten rajojen ja hallitsijoiden tahdon mukaan. Ihmisiä käännytettiin ja karkotettiin usko lojaalisuuden kriteerinä. Ortodokseille annettiin uskonnonvapaus Puolassa ja Habsburgien mailla, kunhan he tunnustivat paavillisen auktoriteetin ja liittyivät Rooman kirkon alaisuuteen. Näin syntyi vieläkin Idän ja Lännen kirkkojen rajapinnalla elävä kreikkalaiskatolinen traditio. Preussin kuningas puolestaan kannusti valtakuntansa luterilaisia ja reformoituja muodostamaan unioituja maakirkkoja. Poliittisesti johdettuja yhdistymisiä ei voi kuitenkaan pitää ekumenian edeltäjinä ja joissakin tapauksissa niiden vaikutus on ollut jopa päinvastainen.