Ekumeeninen liike järjestäytyi 1920-luvulla kahden otsikon alle, Life and Work – Elämä ja työ sekä Faith and Order – Usko ja kirkkojärjestys. Molemmat haarat näkivät itsensä väliaikaisina muodostelmina ja pitivät olennaisena tehtävänään valmistella yhteisen ekumeenisen järjestön perustamista. Tärkeä osa prosessia oli päättää tulevan neuvoston jäsenrakenteesta: olisiko se maailmanlaajuisten tunnustuskuntien muodostama elin vai kansallisten ekumeenisten neuvostojen tai paikallisten kirkkojen järjestö?
Johtopäätökseksi tuli, että Kirkkojen maailmanneuvosto (KMN) muodostetaan paikallisten kirkkojen jäsenyyden pohjalle, jolloin itsenäisillä kirkoilla on suora omistajuus siihen. Tämä ratkaisu on osoittautunut toimivaksi ja sitä on seurattu ekumeenisissa neuvostoissa myös kansallisella ja maanosien tasolla.
Kuudenkymmenen vuoden aikana KMN on kokenut erilaisia vaiheita. Viimeisten parin vuosikymmenen suuntaus on ollut ekumeenisten järjestöjen ja verkostojen moninkertaistuminen ja maailmanneuvoston työalojen itsenäistyminen omiksi organisaatioikseen. Se kertoo ekumeenisen asiantuntijatyön monipuolistumisesta ja laajentumisesta. Toisaalta kysytään, merkitseekö tämä kehitys kirkkojen äänivallan heikkenemistä, kun useimmissa erikoistuneissa järjestöissä ne eivät muodosta jäsenkunnan ydintä samalla tavoin kuin KMN:ssa ja muissa kirkkojen neuvostoissa.
Kirkkojen maailmanneuvoston jäsenyyden perustaksi otettiin NMKY- ja NNKY-liikkeiden Pariisin baasis. Sitä täydennettiin maailmanneuvoston kolmannessa yleiskokouksessa New Delhissä viittauksella Jumalaan Isänä ja Poikana ja Pyhänä Henkenä. Eri vaiheissa on ehdotettu kasteen mainitsemista ja sen vastavuoroista tunnustamista kirkkojen kesken, mutta asiaan liittyvän kirkko-opillisen merkityksen takia kasteen lisäämisestä baasikseen ei ole päästy yksimielisyyteen.
KMN:n itseymmärryksen kannalta olennainen keskustelu käytiin sen keskuskomitean kokouksessa Torontossa vuonna 1950. Tuloksena oli asiakirja, jossa todetaan, ettei maailmanneuvostolla ole kirkko-opillista identiteettiä tai merkitystä. Siitä ei tule ”ylikirkkoa”, eikä se edusta sen näkyvän ykseyden mallia, johon pyritään. Tärkeää oli myös todeta, ettei jäsenyys KMN:ssa edellytä sitä, että jäsenyys tarkoittaisi toisten jäsenkirkkojen tunnustamista kirkoiksi sanan täydellisessä merkityksessä.
Ekumeenisen liikkeen ja erityisesti KMN:n teologisessa työssä on vuosikymmenten mittaan usein viitattu Kristuksen kirkon näkyvään ykseyteen, jota tavoitellaan. Ykseyttä lähestytään eri traditioiden näkökulmista ja se ymmärretään eri tavoin. Useimmille se on sakramentaalinen kommuunio, jolla on näkyvät ja käytännölliset ilmauksensa. Faith and Order -maailmankokoukset vuosina 1937 ja 1958 puhuivat ”orgaanisesta ykseydestä” ja Kirkkojen maailmanneuvoston yleiskokous vuonna 1961 totesi, että tämä tulee merkitsemään erillisten tunnustuksellisten identiteettien ”kuolemaa” ja uuden yhteisen identiteetin syntyä kussakin yhdistyneessä paikalliskirkossa.
Katolisen kirkon kristittyjen ykseyden sihteeristön johtaja kardinaali Willebrands muotoili vuonna 1970 käsitteen ”kommunioiden kommuunio”, joka KMN:n piirissä kehittyi muotoon ”konsiliaarinen yhteys”. Luterilaisen Maailmanliiton yleiskokous vuonna 1977 puolestaan puhui ”sovitetusta moninaisuudesta” ja käsite on jäänyt elämään teologisessa keskustelussa. 1980-ja 1990-luvuilla Kirkkojen maailmanneuvostossa kehitettiin raamatullista koinonia-käsitettä kirkkojen yhteisen diakonian lähtökohdista käsin.